Gorzkie Żale są nabożeństwem pasyjnym i typowo polskim. Zrodziły się z potrzeby serca na przełomie XVII i XVIII w. w Zgromadzeniu Księży Misjonarzy przy warszawskim kościele pw. Świętego Krzyża. Śpiew Gorzkich Żali zastąpił śpiewanie w czasie wielkopostnych nabożeństw popołudniowych hymnów łacińskich. Genezy powstania tego rzewnego nabożeństwa należy szukać w szeroko rozpowszechnionych w polskim społeczeństwie pieśniach o Męce Pańskiej, misteriach średniowiecznych i dialogach pasyjnych. Choć nie jest to nabożeństwo ściśle liturgiczne, w krótkim czasie zyskało w całym kraju ogromną popularność. Jego znaczenie i żywotność w religijności wiernych porównać można do równie chętnie odprawianego dzisiaj nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego. W czasach, w których Gorzkie Żale powstały, nie bez znaczenia był fakt, że odprawiane były w języku ojczystym, zrozumiałym dla ogółu wiernych.
Pieśni o Męce Pańskiej znane były w kościele już od pierwszych wieków chrześcijaństwa. Początkowo śpiewane po łacinie, u schyłku wieków średnich zaczęły być wykonywane w Polsce także w języku rodzimym. Najstarszą ze znanych ułożył benedyktyn - bł. Władysław z Gielniowa w XV w. Jest to tzw. Żołtarz Jezusów, czyli piętnaście rozmyślań o Bożym umęczeniu, wydany w 1488 r. Około 1500 r. powstała popularna do dziś pieśń pasyjna Rozmyślajmy dziś wierni chrześcijanie. Rozpowszechnione w średniowieczu dialogi pasyjne, zwłaszcza wielkopiątkowe, oraz misteria zwane miracula cieszyły się nie tylko popularnością, ale i szczególnym, niemal teatralnym rytuałem, głównie we Francji, a także we Włoszech i Hiszpanii. Dla ich pielęgnowania pod koniec XIV w. powstało w Paryżu Bractwo Męki Pańskiej. W polskiej kulturze duże znaczenie odgrywali w nabożeństwach pasyjnych tzw. biczownicy (kapnicy). Celem otrzymania odpuszczenia grzechów chłostali się publicznie, nieraz aż do krwi.
Misteria pasyjne z zarysowanymi scenami pasyjnymi, szeroko rozpowszechnione w dawnej Polsce, niewątpliwie odegrały zasadniczą rolę przy narodzinach Gorzkich Żali. Jako widowiska o średniowiecznym rodowodzie powoli jednak zanikały na rzecz nabożeństw kościelnych wzorowanych na jutrzni brewiarzowej. W 1724 r. wydano w Krakowie zbiór pieśni zatytułowanych Kancjonał pieśni nabożnych. Wśród pieśni o Męce Pańskiej zbiór ten zawierał krótką 3-częściową pasję, którą zazwyczaj śpiewano w piątki Wielkiego Postu.
W tym samym czasie pojawiły się także pisane po polsku zbiory rozważań o Męce Pańskiej, zwane Snopkami Miry. Były to najczęściej podręczne modlitewniki do medytacji. Ważne są z tych racji, że ich tytuł bezpośrednio posłużył do nadania nazwy pierwszym właściwym wydaniom Gorzkich Żali śpiewanych do dziś.
Od momentu powstania nabożeństwo cieszyło się wielkim uznaniem władz kościelnych i niezwykłą popularnością wśród wiernych. W księdze Protokołów Bractwa Miłosierdzia św. Rocha (przechowywanej w Archiwum Księży Misjonarzy na Stradomiu), które działało od XVII w. przy świętokrzyskiej świątyni, czytamy m. in., że już "tegoż roku (1707) w pierwszą niedzielę Postu zaczęło bractwo wspólnie po polsku śpiewać nowo złożony sposób pasji, na której sam Imć Ksiądz Oficjał celebrował z wielkim konkursem i ukontentowaniem ludu wszystkiego".
Uroczyście odprawiane we wszystkie niedziele Wielkiego Postu w kościele parafialnym pw. Świętego Krzyża i następnie w innych kościołach misjonarskich na terenie całego kraju, nabożeństwo Gorzkich Żali szybko weszło do kręgu nabożeństw lubianych, cenionych i obowiązujących Polsce. Zyskało też aprobatę Stolicy Apostolskiej.
Do jego popularyzacji obok samych Misjonarzy przyczyniło się zwłaszcza Bractwo św. Rocha. W protokole brackim za rok 1699 czytamy, że "... temu właśnie bractwu należy się wdzięczność za to, że w Kościele Bożym rozpamiętywana jest Męka Pańska. Przy odśpiewywaniu w języku naszym tak zwanych Gorzkich Żali mnogie pożytki duchowe wypływają". Członkowie tego bractwa zawsze brali udział w procesjach pokutniczych kapników, w procesjach różańcowych, w odprawianiu pasji. Nieśli także pomoc "nieszczęśliwym ubogim chorym, bez różnicy wyznania". Ich inicjatywie zawdzięczano otwarcie szpitala św. Rocha na Krakowskim Przedmieściu, który przetrwał aż do 1944 r. Aby poznać dalsze losy samego nabożeństwa, należy sięgnąć do Księgi Protokołów Bractwa. Czytamy tam w odniesieniu do połowy XIX wieku: "nie masz kościoła, gdzie tylko język polski zasięga, aby odprawiane nie było nabożeństwo pasyjne, czyli Gorzkie Żale". Z końcem wieku w czasie Wielkiego Postu śpiewała je także, zamiast Nieszporów, Polonia amerykańska i brazylijska. Co do sposobu śpiewania, a raczej odprawiania Gorzkich Żali ustaliła się podwójna praktyka: wykonuje się albo wszystkie trzy części razem, albo też (częściej) jedną tylko część w kolejne trzy następujące po sobie niedziele.