Świątynia została zbudowana przez gminę ewangelicką w 1923 r. z materiałów pozyskanych z rozbiórki budynku prochowni na Karłowicach we Wrocławiu. Po wojnie, w 1945 r. mieszkańcy Żernik zabezpieczyli opuszczony zbór i zbudowali prowizoryczny ołtarz. Parafię pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa erygował abp Bolesław Kominek w 1958 r. W 2003 r. proboszczem został ks. prał. Tadeusz Rusnak. Ze względu na stale powiększającą się liczbę parafian podjął decyzję o wybudowaniu nowego kościoła pw. NMP Pompejańskiej, który poświęcony został przez abp. Józefa Kupnego 8 października 2022 r. W tym samym roku ks. Rusnak rozpoczął gruntowny remont zabytkowego kościoła parafialnego. Przeprowadzono konserwację dachu, renowację ścian zewnętrznych, wewnętrznych i schodów, wykonano granitową posadzkę, nową instalację elektryczną, alarmową a także monitoring i nagłośnienie. Wykonano nowy ołtarz, zakupiono nowe ławki, krzesła, dokonano renowacji ołtarzy bocznych, krzyża, tabernakulum i drogi krzyżowej. Przeprowadzono całościowy remont organów.