Na górze Alwernia w 1224 r. nastąpił kolejny zwrot w życiu św. Franciszka – być może był to najważniejszy z jego życiowych przełomów. Otrzymując stygmaty, narodził się na nowo i stał się zarazem pierwszym historycznie potwierdzonym stygmatykiem. Stygmaty były niejako zwieńczeniem jego duchowej drogi, jak zauważa papież Franciszek: „Od głosu dochodzącego z krucyfiksu w ruinach kościoła San Damiano Franciszek z Asyżu rozpoczyna swoją podróż, drogę pełną pytań, niepokojów, spotkań. Dwa lata przed śmiercią zatrzymuje się na górze Alwernia, gdzie doświadcza szczególnego mistycznego zjednoczenia z Chrystusem ukrzyżowanym”. Stygmaty te były „pocałunkiem miłości boskiego Oblubieńca” i wyrazem wewnętrznej przemiany Biedaczyny z Asyżu, o czym w swojej najnowszej książce przekonuje o. Zdzisław J. Kijas.