Jan Berchmans przyszedł na świat w Diest, niewielkim flamandzkim miasteczku, w rodzinie garbarza i córki burmistrza. Był bystrym chłopakiem, ale z racji złej sytuacji materialnej rodziny jego edukacja natrafiła na problemy. Mógł kontynuować rozpoczętą naukę dzięki pomocy miejscowego proboszcza. Trafił do nowo utworzonego Kolegium Jezuitów w Mechelen. Tu ostatecznie rozeznał swoje powołanie i w wieku 17 lat wstąpił do nowicjatu jezuitów. Wydawał się zwykłym chłopakiem, ale jego duchowe i intelektualne życie było nieprzeciętne. Wyróżniał się dojrzałością, inteligencją, pokorą i bezkompromisową miłością do bliźnich. Z tego względu przełożeni wysłali go na studia filozoficzne i teologiczne do Rzymu. Również w Wiecznym Mieście swoimi przymiotami zachwycał nauczycieli, kleryków i tych, którzy mieli sposobność bezpośrednio się z nim zetknąć. Z powodu jego pobożności i miłości do bliźnich nazywano go aniołem.