Pierwszy kościół w Przegini powstał już w latach 1325-27. Był drewniany i nosił wezwanie św. Mikołaja. „W XVI wieku świątynia była nawet przez pewien czas zborem ewangelickim. Stało się tak, gdyż dziedzic Pieskowej Skały Paweł Szafraniec zmienił wyznanie. Katolicy z Przegini zmuszeni byli wtedy uczęszczać na nabożeństwa i korzystać z duszpasterskiej posługi księdza z Gołaczew. Drewniana świątynia nie wytrzymała próby czasu i spłonęła w czasie jednego z pożarów. W 1662 r. Michał Zebrzydowski, starosta z Lanckorony i Smolenia, zbudował nowy, murowany kościół. Nad głównym wejściem i zakrystią do dzisiaj można zobaczyć tarcze z herbem Zebrzydowskich «Radwan». Od tego czasu kościół był wielokrotnie przebudowywany. Ostateczny, noegotycki kształt otrzymał dzięki staraniom ks. Feliksa Banasińskiego w latach 1902-08” - przypomina historię parafii proboszcz ks. kan. Władysław Jaśkiewicz.
Świątynia zbudowana jest na planie krzyża. Ma 33 metry długości i 9,5 metra szerokości. Zbudowana jest z kamienia wapiennego, otynkowanego z zewnątrz. Ma dwie wieże: dużą z trzema dzwonami i małą z sygnaturką. Posiada dwie boczne kaplice - jedną pod wezwaniem św. Jana Nepomucena i drugą pod wezwaniem Pana Jezusa Miłosiernego z łaskami słynącym obrazem pochodzącym z XVI w. Ołtarz główny przedstawia Jezusa Ukrzyżowanego, a ołtarze boczne poświęcone są Matce Bożej Różańcowej i św. Franciszkowi.
W prawej kaplicy kościoła znajduje się obraz Jezusa Miłosiernego. „Według legendy historia tego wizerunku łączy się z walkami na wschodnich rubieżach Rzeczpospolitej - opowiada ks. Jaśkiewicz - jej ślad znajdujemy w Sienkiewiczowskiej Trylogii. Pewien rycerz z dworu królewskiego pochodzący z Sieniczna brał udział w walce z Kozakami. Pewnego dnia wkroczył do płonącego kościoła i zauważył piękny wizerunek Zbawiciela. Oczarowany tym widokiem, rozbił szybę i wyjął z ramy obraz z zamiarem ocalenia go z pożogi. Następnie opasał się płótnem i tak odbył całą kampanię wojenną. Okazało się, że wielu jego towarzyszy poległo, inni byli ranni lub dostali się do niewoli. A ów rycerz szczęśliwie trafił do domu. Swoje ocalenie przypisał obrazowi. W dowód wdzięczności zawiesił obraz w kaplicy w rodzinnej wsi Sieniczno. Sława cudownego wizerunku szybko rozeszła się po okolicy, najlepszym tego dowodem są wota pozostawione pod obrazem. Dlatego też biskup krakowski nakazał, by w uroczystej procesji przenieść obraz z kaplicy do kościoła w Przegini. I w tej świątyni pozostał do dziś”.
Malowidło ma wymiary 130 x 80 cm. Stylem przypomina wizerunek „Ecce Homo”. Chrystus jest w cierniowej koronie, ma związane dłonie i trzyma w nich trzcinę. Na płótno obrazu nałożona jest metalowa szata koloru srebrnego i metalowa korona cierniowa koloru złotego. W ostatnią niedzielę września, w czasie odpustu, w świątyni gromadzą się wierni z całej okolicy. W niedzielę w nowym sanktuarium Msze św. odprawiane są o godz. 8.00, 9.15, 10.30, 11.30 i 17.00, w tygodniu o 7.00 i 18.00. W każdy piątek odprawiana jest przed obrazem Msza św. z Koronką do Miłosierdzia Bożego.