Potem Franciszek modlił się w katedrze na Wawelu. Przy dźwiękach dzwonu Zygmunta, który rozlega się podczas świąt kościelnych i w najważniejszych dla Polaków chwilach przy bocznym wejściu do świątyni Ojca Świętego powitał metropolita krakowski i proboszcz katedry. Papież pomodlił się przez chwilę przy konfesji św. Stanisława, gdzie wystawione są również relikwie św. Jana Pawła II. Franciszek przeszedł na chwilę prywatnej modlitwy w kaplicy Najświętszego Sakramentu. Następnie udał się do prezbiterium katedry wawelskiej na spotkanie z polskimi biskupami.

"Tu bije serce Polski!" – powiedział w katedrze na Wawelu kard. Dziwisz witając papieża. Metropolita krakowski przypomniał, że w tej świątyni wielokrotnie sprawował Eucharystię metropolita krakowski, kardynał Karol Wojtyła. "Dzisiaj Biskup Rzymu przybywa do nas, by z młodymi całego świata przeżyć w tych dniach święto wiary, by utwierdzić nas wszystkich w wierze oraz odsłonić przed światem młode i miłosierne oblicze Kościoła" - powiedział kardynał i dodał: "Twoja obecność pośród nas pogłębia naszą świadomość przynależenia do Kościoła, będziemy się wpatrywać w Twoją przyjazną twarz, będziemy się cieszyć Twoją obecnością".

Z kolei przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski, abp Stanisław Gądecki witając papieża powiedział: "Jeśli osobiście i wspólnotowo pogłębimy naszą więź z Chrystusem staniemy się „iskrą”, która wyjdzie z Polski, i przygotuje świat na powtórne przyjście Chrystusa". Franciszek ofiarował katedrze kielich mszalny.

W spotkaniu uczestniczyło ok. 130 hierarchów. Spotkanie - w formie otwartego i szczerego dialogu - odbyło się za zamkniętymi drzwiami katedry.

Relacjonując spotkanie papieża Franciszka z biskupami abp Stanisław Gądecki powiedział, że podczas niego Ojciec Święty rozpoczął od czynów miłosierdzia. Pierwszy z nich to „zmarłych pogrzebać”. „Papież wspomniał o odejściu abp. Zygmunta Zimowskiego, przewodniczącego Papieskiej Rady ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia. Wspólnie pomodliliśmy się za jego duszę” - mówił abp Gądecki. Następnie, nawiązując do kolejnych czynów miłosierdzia Ojciec Święty wspominał o kard. Franciszku Macharskim, który znajduje się w śpiączce.

Biskupi pytali papieża o to jaką odpowiedź na sekularyzację powinna dać Polska. Następne pytanie dotyczyły miłosierdzia i ruchów charyzmatycznych w Kościele. Ostanie dotyczyło uchodźców. „Ojciec Święty odpowiadał trochę jak do dzieci, w bardzo ciepły sposób. Odnosząc się do każdego z tych zagadnień w sposób długi i wyczerpujący, ale nie na poziomie intelektualnego dyskursu, ale tak jak ojciec rozmawia ze swoimi dziećmi. To moim zdaniem rys pontyfikatu papieża Franciszka” - podkreślił abp Gądecki.

Rzecznik Watykanu ks. Federico Lombardi mówiąc o spotkaniu z biskupami powiedział, że papież wspomniał o potrzebie bliskości, która tak współgra z dziełami miłosierdzia i wsłuchiwaniem się w to, co mówią inni. Papież wspomniał też o problemie hołdowania pieniądzom i potrzebie solidarności, troski o ubogich. Jak wskazał rzecznik Watykanu, na pytanie o uchodźców papież wskazał, że należałoby rozwiązać go u samego źródła, tzn. w państwach, z których Ci uchodźcy uciekają. Ks. Lombardii poinformował, że na zakończenie spotkania papież zrobił razem z biskupami pamiątkowe zdjęcie.

Po spotkaniu z polskimi biskupami Ojciec Święty udał się do siedziby kurii w Domu Arcybiskupów Krakowskich, gdzie zjadł kolację.

Po godz. 21 Franciszek pojawił się w "Papieskim Oknie" entuzjastycznie witany przez tysiące zgromadzonych przy Franciszkańskiej 3. Rozpoczynając niespełna dziesięciominutowe spotkanie, papież poprosił o modlitwę w intencji Macieja Szymona Cieślaka, 22-letniego studenta sztuki plastyczne, który nie dożył Światowych Dni Młodzieży, bowiem zmarł na raka. Szymon pracował jako wolontariusz Światowych Dni Młodzieży i to właśnie on przygotował obrazy świętych patronów, które obecnie tak pięknie ozdabiają całe miasto. "Właśnie w tej pracy odnalazł swoja wiarę" – dodał papież.

Franciszek zachęcił zgromadzonych do chwili modlitewnej ciszy w intencji Szymona, który zmarł 2 lipca dodając: "On jest tutaj z nami". Podkreślił, że jest jedna rzecz, o której nie powinniśmy nigdy wątpić: "wiara tego chłopaka, naszego przyjaciela". "Ta wiara zaprowadziła go do Jezusa i teraz jest w niebie patrząc na nas" – zapewnił papież. Franciszek zachęcił młodych do tego, by wybrali "właściwą drogę życia" dodając: "Nie bójcie się: Bóg jest wielki, Bóg jest dobry! Bądźcie radośni – to obowiązek tych, którzy idą za Jezusem!"

Kończąc papież poprosił młodzież: "Nie róbcie w nocy zbyt wiele hałasu" a następnie odmówił z młodymi modlitwę "Zdrowaś Maryja" i udzielił błogosławieństwa. "Dobranoc i módlcie się za mnie" – poprosił na zakończenie Franciszek.