Przez lata kościół ten był kościołem filialnym parafii Ciechocin. Od 1978 r. pełni taką funkcję w erygowanej wówczas parafii św. Wcława w Lubiczu Górnym (w 1986 r. bp Jan Zaręba rozszerzył wezwanie parafii na: Matki Bożej Częstochowskiej i św. Wacława).
Na przestrzeni 250 lat Młyńca nie ominęły zawirowania dziejowe. Przestał być własnością Jezuitów, przeszedł we władanie świeckie. Bywał dziedziczony, przekazywany i sprzedawany. Zmieniał przynależność diecezjalną i administracyjną. Usytuowany na granicy państwa, na skutek wojen lub traktatów przechodził z rąk polskich w krzyżackie - i na powrót.
Patrząc na kościół w Młyńcu i jego otoczenie odnosi się wrażenie, że zatrzymał się tu czas. Jest wzorowo utrzymany - niedawno zakończyły się trwające 8 lat prace konserwatorskie. Wchodząc do środka zobaczymy piękny, rokokowy wystrój świątyni. Bogato zdobione ołtarze, ambona, balustrada chóru, oryginalne narożne konfesjonały, obrazy, zabytkowe ławki są już po konserwacji. Prace początkowo realizowane były z funduszy państwowych oraz prywatnych Małgorzaty i Ryszarda Drzazgów. Od 1998 r. finansowała je Fundacja Ochrony Zabytków „Sacrum”, założona z inicjatywy R. Drzazgi. Dzięki dobrej współpracy z zastępcą konserwatora generalnego Markiem Rubinkowiczem i konserwatorem wojewódzkim Pawłem Połomem, jak również dzięki rzetelności wykonawcy prac, zakończono je w 2000 r. W ten sposób urzeczywistnił się plan przekazania odrestaurowanego kościoła jako wotum na Wielki Jubileusz Chrześcijaństwa. 26 grudnia 2000 r. wspólnota parafialna wraz z duszpasterzami i zaproszonymi gośćmi obchodziła 250-lecie świątyni. Mszy św. przewodniczył wówczas biskup Roman Andrzejewski, który poświęcił odnowione wnętrze.
Wiosną 2001 r., z inicjatywy proboszcza parafii ks. kan. Bogusława Leszcza (prezesa Fundacji „Sacrum”) i przy pomocy parafian założono nowe ogrodzenie i wzniesiono drewnianą dzwonnicę. Zawieszone w niej 3 dzwony stanowią dar małżeństwa Drzazgów.
Pozyskane staraniem Fundacji kwoty przeznaczono na odnowę zewnętrznej szaty kościoła. Wyremontowano dach, wieżę pokryto miedzianą blachą, a połacie nad nawą i prezbiterium drewnianym gontem. Zakonserwowano odeskowanie ścian, wzmocniono, a niekiedy wymieniono części kamiennej podmurówki. Schody pokryto płytami z granitu, natomiast chodnik wokół kościoła wyłożono kostką brukową. Założono także instalację alarmową.
Całe przedsięwzięcie jest wynikiem zaangażowania ks. kan. Bogumiła Leszcza, który budując kościół w Lubiczu Górnym, podjął się jednocześnie odpowiedzialności za ratowanie zabytkowego kościoła w Młyńcu. Bardzo istotne znaczenie ma pomoc parafian, ofiarodawców i instytucji. Biskup Roman Andrzejewski powiedział kiedyś w homilii, iż działania wokół młynieckiego kościoła są świadectwem działania Ducha Świętego, ludzkiej wrażliwości oraz darem dla następnych pokoleń.