W czasie homilii Ksiądz Biskup zaznaczył, że stajemy przed Bogiem przede wszystkim z ogromną wdzięcznością za dar życia i posługi śp. księdza Jana, który zawsze szczególną troską otaczał wspólnotę kandydatów do kapłaństwa.

Jego Ekscelencja zwrócił uwagę uczestników liturgii żałobnej na fakt, iż z pewnością zmarły ksiądz Jan tak bardzo troszczył się o kleryków, ponieważ wiedział, że tak dużo zależy w Kościele od kapłanów. Kaznodzieja wskazał na śp. księdza profesora jako na przykład kapłana, który najpierw troszczył się o Kościół, o sprawy Boże, o drugiego człowieka, a dopiero na końcu o samego siebie.

Zmarły ks. inf. prof. Jan Kowalski pełnił liczne funkcje w Wyższym Częstochowskim Seminarium Duchownym. Był między innymi wykładowcą teologii moralnej, ojcem duchownym (1962-63), wicerektorem i prefektem studiów (1974-78) oraz rektorem naszego Wyższego Seminarium Duchownego (1978). Dobrodziej naszego Kościoła partykularnego odznaczał się autentycznym zaangażowaniem w kształcenie młodych pokoleń kapłanów oraz głęboką miłością do Kościoła Częstochowskiego. Jego troska wyrażała się przede wszystkim w braterskim wsparciu udzielanym wspólnocie alumnów w wymiarze intelektualnym, duchowym.

Nie sposób zapomnieć o ogromie dóbr materialnych, szczególnie przeznaczonych na sprawowanie kultu Bożego, naukę czy codzienne funkcjonowanie, które otrzymaliśmy dzięki otwartości serca śp. ks. prof. Jana. Stąd wyrażając naszą wdzięczność jako wspólnota księży przełożonych i profesorów oraz kleryków otoczyliśmy śp. księdza Jana modlitwą Liturgii Godzin oraz koronką do Bożego Miłosierdzia.

Ufamy, że dobry i miłosierny Pan przyjmie drogiego naszym sercom śp. ks. inf. prof. Jana Kowalskiego do swojej chwały. Wierzymy, że Bóg przebaczy mu grzechy popełnione wskutek ludzkiej ułomności i zakryje wszelką niedoskonałość swoją miłością.