Proboszczem parafii był ks. inf. Wincenty Hartman. Wysoki, wręcz atletycznej budowy, starszy wiekiem, stąd włosy miał posiwiałe o całkowicie białej barwie. Jedynie czarne pozostały krzaczaste brwi. Cieszył się wśród wiernych dużym autorytetem i poważaniem. Wikariuszem natomiast był ks. Franciszek Zawisza, który wygłaszał płomienne homilie o silnych akcentach patriotycznych. Często zaczynał kazania, mówiąc: „Zamość to bastion polskości”.
Przed wojną ogrodzenie wokół kolegiaty miało sztachety z kutego ręcznie żelaza. Było to wykonanie artystyczne. Przy kościele stał posąg św. Floriana, patrona strażaków. Okna kolegiaty nie miały witraży, tylko kolorowe szyby w barwach szafirowych i pomarańczowych. Podczas dni słonecznych rzucały błyski na ołtarze i na modlących się wiernych. Witraż był tylko w kaplicy Zamoyskich w owalnym okienku i przedstawiał herb Ordynata. Kaplica z obrazem Zwiastowania była zamknięta, a sam obraz zasłonięty kotarą w kolorze szafirowym, zakończoną złotymi frędzlami. Kaplicę otwierano, a obraz odsłaniano tylko w święta maryjne, Bożego Narodzenia, Wielkanocy, Bożego Ciała. W czasie Sumy, którą zazwyczaj celebrował ks. inf. Hartman, przy akompaniamencie potężnych organów na zakończenie Mszy św. w murach kolegiaty rozbrzmiewała pieśń Te Deum laudamus.
W pierwszych miesiącach okupacji Niemcy zniszczyli posąg św. Floriana. Mniej więcej w tym samym czasie spalili synagogę na Starym Mieście, którą odbudowano w latach 60. ubiegłego wieku.
Wiosną 1940 r. Niemcy aresztowali ks. Franciszka Zawiszę wraz z ks. Wacławem Kowalskim, prefektem szkół średnich w Zamościu. Wkrótce zamknięto kolegiatę i wysiedlono księży. W budynku plebanii urządzono pocztę. Dla katolików pozostawiono jedynie kościół pw. św. Katarzyny, a kościół pw. św. Mikołaja oddano prawosławnym. Na nabożeństwa do św. Katarzyny przychodzili także Niemcy, szczególnie cywilni, widocznie też wyznania rzymskokatolickiego.
Zimą 1940-41 w kolegiacie umieszczono ludzi wysiedlonych z Wielkopolski. W Zamościu zorganizowano dla nich pomoc. Dzieci otrzymywały od dorosłych paczki z żywnością i odzieżą i przerzucały je przez sztachety na teren przykościelnego placu od strony ul. Szczebrzeskiej. Od czasu do czasu ktoś z wysiedlonych zbierał te paczki bez przeszkód ze strony Niemców pilnujących kolegiaty. Po rozlokowaniu wysiedlonych w różnych częściach miasta Niemcy urządzili w kolegiacie skład zboża. Przechodząc koło kościoła, czasami dawało się słyszeć granie na organach, a czasem warkot motocykli.
W 1943 r., kiedy Niemcy już przegrywali wojnę i brakowało im materiału na zbrojenia, zniszczyli żelazne sztachety z ogrodzenia kolegiaty oraz kościoła, wówczas cerkwi.
W lipcu 1944 r., podczas zdobywania Zamościa przez Armię Radziecką, dwie armatnie kule uderzyły w ścianę kolegiaty od strony ul. Szczebrzeskiej. Wyrwy były duże, ale szczęśliwie nie zawalił się chór. Filary podtrzymujące go nie zostały w większym stopniu uszkodzone. Natomiast od wstrząsu wyleciały wszystkie szyby z okien oraz witraż z herbem Zamoyskich. Zamościanie bardzo obawiali się, że Niemcy mogą zrabować obraz Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny oraz obrazy z prezbiterium. Szczęśliwie wszystkie ocalały, ale ołtarze zostały doszczętnie ograbione z wotów, szczególnie cennych i wiszących w dużych ilościach w kaplicy z obrazem Matki Bożej Łaskawej, patronki Zamościa. Ponadto zostały uszkodzone organy, pocięto miechy. Ławki były zsunięte i przewrócone na bok. Wszędzie pełno śmieci i tony kurzu. Ludność zamojska natychmiast po ustąpieniu Niemców z miasta przystąpiła do sprzątania świątyni oraz naprawiania szkód. Z czasem uzupełniono także ogrodzenie.
Ks. Franciszek Zawisza i ks. Wacław Kowalski szczęśliwie przeżyli obóz koncentracyjny w Oranienburgu i wrócili do Zamościa w 1946 r. Po śmierci ks. inf. Hartmana 26 marca 1947 r. proboszczem parafii został ks. Franciszek Zawisza. Ks. Kowalski wrócił do szkoły, by uczyć religii, ale wkrótce w 1947 r. został proboszczem w Krasnymstawie, gdzie przebywał do swojej śmierci w 1975 r. Ks. Franciszek Zawisza zmarł 21 września 1976 r. W ostatniej drodze żegnały kapłana nieprzebrane tłumy Zamościan.
Następnym proboszczem został ks. Jacek Żórawski. Po utworzeniu diecezji zamojsko-lubaczowskiej kolegiata awansowała do miana katedry.