Przypadające na 1966 r. uroczystości millenium chrztu Polski stanowiły jednoznaczną deklarację wiary przeważającej części narodu polskiego. W rozumieniu komunistów stanowiły one jednak zagrożenie dla promowanego przez władze światopoglądu ateistycznego. W celu podtrzymania go, władze inaugurowały obchody konkurencyjnych uroczystości Tysiąclecia Państwa Polskiego.
W diecezji przemyskiej uroczystości kościelne o randze diecezjalnej odbyły się w dwóch miastach: w Przemyślu - w dniach 20-21 sierpnia 1966 r. i w Tarnobrzegu - w dniach 7-8 września 1966 r.
Władze komunistyczne z „niepokojem” przyjęły objęcie 6 lutego 1965 r. biskupstwa przemyskiego przez bp. Ignacego Tokarczuka, który w sposób jednoznaczny wyrażał swoje antykomunistyczne poglądy. Według Służby Bezpieczeństwa postawa biskupa ordynariusza w stosunkowo krótkim czasie doprowadziła do wzrostu aktywności pozostałych biskupów przemyskich, duchowieństwa, jak również samych wiernych. Przygotowując się do uroczystości milenijnych, SB powołała specjalny sztab operacyjny, któremu polecono „dokonać zabezpieczenia w ten sposób, by nie dopuścić do naruszenia bezpieczeństwa i porządku publicznego w Przemyślu i na terenie województwa”. Sztab ten przydzielił poszczególnym jednostkom SB konkretne zadania do wykonania. Wydziałowi IV SB KW MO w Rzeszowie - zajmującemu się zwalczaniem Kościoła - polecił opracować plan operacyjnego zabezpieczenia uroczystości z uwzględnieniem zamierzeń duchowieństwa. Funkcjonariuszom SB nakazano też neutralizację poczynań cudzoziemców pragnących przyjechać w trakcie Milenium do Przemyśla, „zabezpieczenie” zakładów, firm transportowych i środowisk wymagających operacyjnego zainteresowania w Przemyślu, nagranie kazań biskupów oraz księży wygłaszanych w trakcie, kontrolę korespondencji, obserwację osób przybyłych spoza Przemyśla. W kartotece i archiwum KW MO w Rzeszowie wyznaczono całodobowe dyżury w celu dostarczania na bieżąco informacji jednostkom działającym w Przemyślu.
Bp Ignacy Tokarczuk 1 marca 1966 r. powołał specjalnym dekretem Komitet Organizacyjny Milenium Chrztu Polski w diecezji przemyskiej. Jego przewodniczącym został bp Stanisław Jakiel. W ramach komitetu działał sekretariat główny i siedem sekcji. Oficjalnie prezydium MRN w Przemyślu poinformowane o uroczystościach zostało dopiero 17 sierpnia.
20 sierpnia, o godz. 17, przyjechał do Przemyśla kard. Stefan Wyszyński. Został on entuzjastycznie powitany przez wiernych. Pół godziny później procesyjnie, z udziałem wszystkich przybyłych księży biskupów, wyniesiono figurę Matki Bożej Jackowej do ołtarza na zewnątrz katedry. Procesję zamykali bp Ignacy Tokarczuk oraz Ksiądz Prymas.
Następnego dnia uroczystości milenijne poprzedziły Msze św. odprawiane w przemyskich kościołach i kaplicach. O godz. 11 Sumę pontyfikalną celebrował abp Karol Wojtyła. Kazanie, „przerywane już tradycyjnie oklaskami wiernych”, wygłosił kard. Stefan Wyszyński. Po Sumie abp Karol Wojtyła przypomniał więzy, „jakie od wieków łączyły diecezję przemyską z Krakowem”. Formalnie zakończenie uroczystości milenijnych nastąpiło o godz. 18. Wówczas to bp Bolesław Taborski przeniósł figurę Matki Bożej Jackowej z bazyliki katedralnej do ołtarza polowego.
Przed uroczystościami milenijnymi poszczególne jednostki SB podjęły szereg działań o charakterze operacyjnym. Objęto nimi figurantów spraw ewidencyjnych i środowisk podlegających operacyjnemu zainteresowaniu, podejrzanych o możliwość prowadzenia działalności antypaństwowej. W kręgu zainteresowań SB pozostawały - poza duchownymi - wszystkie osoby z nimi związane, mogące służyć pomocą wiernym w zorganizowaniu środków transportu czy w organizacji uroczystości. Funkcjonariuszom SB polecono inspirować także odpowiednie komórki administracyjne, aby przeprowadziły rozmowy ostrzegawcze z tymi księżmi, którzy zamierzali organizować pielgrzymki wiernych na uroczystości milenijne do Przemyśla. Informacje na temat zamierzeń duchownych przekazywała sieć tajnych współpracowników złożona z 27 jednostek, z których 18 miało „dotarcie do kurialistów”. Ponadto do tego samego celu postanowiono użyć 12 osób posiadających status kontaktów obywatelskich SB. Obserwacją SB objęła także dworzec PKP i PKS w Przemyślu. Czterech funkcjonariuszy miało „przekazywać informacje o szacunkowej ilości przyjazdu wiernych pociągami i autobusami”.
W trakcie uroczystości SB zorganizowała 6 zakrytych punktów obserwacyjnych. Aż trzy zorganizowano wokół katedry. W każdym z nich umieszczono specjalnego wywiadowcę, powierzając mu zadanie obserwacji wiernych i duchownych. Utworzono także specjalną dziesięcioosobową grupę funkcjonariuszy wyposażonych w aparaty fotograficzne, którzy w trakcie uroczystości religijnych mieli znajdować się pośród wiernych. Nakazano im wybadać nastroje społeczne, fotografować inspiratorów wznoszenia wrogich haseł czy okrzyków.
SB w swoim dokumentach - z nieskrywaną satysfakcją - pisała: „Uzyskano sprawdzoną informację, że część osób, które miały śpiewać w chórze podczas uroczystości - zrezygnowały. Oświadczyli, że ze względu na to, że chór ma wystąpić nie tylko wewnątrz katedry, ale i na zewnątrz, obawiają się konsekwencji - utraty pracy. Obawy takie wypowiadały osoby pracujące w różnych instytucjach. W chórze pozostały tylko osoby starsze niepracujące albo mające w niedługim czasie przejść na emeryturę”.
W uroczystościach milenijnych z 21 sierpnia 1966 r. wzięło łącznie udział 40 biskupów z kard. Stefanem Wyszyńskim na czele. Podczas nich biskupi wygłosili łącznie 32 kazania i przemówienia. Według SB dwanaście spośród nich zawierało akcenty bądź aluzje polityczne nieprzychylne komunistom. Władze komunistyczne były świadome, że dla wiernych uroczystości milenijne posiadały zarówno wymiar duchowy, jak i patriotyczny.
W Tarnobrzegu, w 2006 r., w 40. rocznicę uroczystości milenijnych abp Ignacy Tokarczuk powiedział: „Podczas Milenium Kościół przeszedł do ofensywy wobec komunizmu. Ofensywa ta miała charakter duchowy i wymierzona była w ateizm propagowany przez władze. W trakcie Milenium Naród się policzył. Okazało się, że tych komunistów jest mniej”.